Bohunice v minulosti nemali kostol – sú filiálkou starej farnosti Pruské. Oproti škole stála prícestná Kaplnka Panny Márie, avšak cesta pri kaplnke bola príliš úzka a preto sa kaplnka musela rozobrať. Obyvatelia obce sa však rozhodli postaviť novú, priestrannejšiu kaplnku priamo v centre obce a zasvätiť ju slovanským apoštolom sv. Cyrilovi a Metodovi. Výstavba sa realizovala od roku 1941 a posvätená bola v roku 1944.
Interiér kaplnky je veľmi skromný. Nad dreveným oltárom s vyrezávaným svätostánkom je zarámovaná farebná reprodukcia Shurmannovho diela Sv. Cyril a Metod, ktorého pôvodina je na Biskupskom úrade v Nitre. V kaplnke sa slúži svätá omša raz v roku, a to v nedeľu na sviatok sv. Cyrila a Metoda. Cyrilometodská kaplnka v Bohuniciach tvorí súčasť komplexu pôvodného administratívneho centra obce. Priestor pred kaplnkou uzatvára malý parčík. V priečelí kaplnky nad otvoreným prístreškom sa dvíha vežička, ktorá sa v hornej časti zužuje a je zakončená pyramidálnou strieškou. Vo vežičke je umiestnený zvon z pôvodnej prícestnej Kaplnky Panny Márie.